COVID-19 Data Analysis

Numero di Riproduzione

Stime di Rt.

Max Pierini, Alessio Pamovio

Leggi qui per dettagli generali

Legenda:

  • $R_t$ numero di riproduzione effettivo
    • Rosso: maggiore di 1
    • Verde: minore di 1

Rt con MCMC

Vedi Modello Predittivo per dettagli sul metodo di calcolo di $R_t$ con Markov chain Monte Carlo (MCMC).

Italia

Abruzzo

Basilicata

Calabria

Campania

Emilia-Romagna

Friuli Venezia Giulia

Lazio

Liguria

Lombardia

Marche

Molise

P.A. Bolzano

P.A. Trento

Piemonte

Puglia

Sardegna

Sicilia

Toscana

Umbria

Valle d'Aosta

Veneto

SOMMARIO

Rt bayesiano

Italia: $R_t$ (numero di riproduzione effettivo nel tempo $t$) stimato con metodo bayesiano (Bettencourt & Ribeiro 2008 e Kevin Systrom 2020).

Dettagli metodo: italian (PDF)


ML High_50 Low_50
denominazione_regione
Abruzzo 1.49 1.76 1.23
Basilicata 0.63 1.05 0.29
Calabria 1.40 1.75 1.03
Campania 1.21 1.36 1.07
Emilia-Romagna 1.33 1.52 1.15
Friuli Venezia Giulia 1.35 1.62 1.09
Lazio 1.16 1.34 0.99
Liguria 1.16 1.38 0.94
Lombardia 1.38 1.51 1.25
Marche 1.31 1.61 1.02
Molise 1.24 1.74 0.69
P.A. Bolzano 1.45 1.74 1.15
P.A. Trento 0.86 1.20 0.52
Piemonte 1.35 1.52 1.19
Puglia 1.22 1.43 1.00
Sardegna 1.22 1.47 0.97
Sicilia 1.32 1.51 1.13
Toscana 1.37 1.53 1.20
Umbria 1.44 1.69 1.19
Valle d'Aosta 1.68 2.09 1.27
Veneto 1.31 1.47 1.15

ML High_50 Low_50
denominazione_regione
Abruzzo 1.632857 1.920000 1.348571
Basilicata 0.717143 1.121429 0.350000
Calabria 1.402857 1.782857 1.017143
Campania 1.305714 1.455714 1.158571
Emilia-Romagna 1.464286 1.658571 1.268571
Friuli Venezia Giulia 1.460000 1.737143 1.181429
Lazio 1.228571 1.411429 1.051429
Liguria 1.241429 1.467143 1.017143
Lombardia 1.555714 1.694286 1.418571
Marche 1.384286 1.692857 1.080000
Molise 1.207143 1.724286 0.640000
P.A. Bolzano 1.571429 1.887143 1.254286
P.A. Trento 0.975714 1.310000 0.627143
Piemonte 1.511429 1.685714 1.335714
Puglia 1.321429 1.544286 1.098571
Sardegna 1.298571 1.555714 1.042857
Sicilia 1.415714 1.614286 1.214286
Toscana 1.545714 1.717143 1.371429
Umbria 1.602857 1.870000 1.338571
Valle d'Aosta 1.832857 2.288571 1.371429
Veneto 1.424286 1.591429 1.252857

Rt come ODDS

Effective reproduction number $R_t$ can be considered as an ODD: if for example $R_t=2$, means like in gambling that the likelihood of contagion is "given 2 to 1", so an infected will infect 2 susceptible subjects.

For the effect of the serial interval $\tau$ (onset of symptoms, diagnosis, etc), new cases $k_t$ observed in day $t$ have been infected in $t-\tau$ by the current new cases observed in $t-\tau$ (because old cases are supposed to be hospitalized, isolated, recovered or dead) so, with this simple method, in $t$ we can calculate the $R_{t-\tau}$.

$$ R_{t-\tau} = \frac{k_{t}}{k_{t-\tau}} $$

Work in progress: distribute serial interval $\tau$ as Gamma and new cases $k_t$ as Poisson.


© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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